O Cuiabá Esporte Clube celebra 23 anos de história. Com origem na própria Cuiabá, capital do Mato Grosso (MT), a agremiação foi fundada em 2001 pelo ex-jogador Gaúcho, que atuou por Flamengo, Palmeiras e Grêmio durante sua carreira. Como dirigente, Gaúcho criou o clube para participar de campeonatos de base.
Em 2003, o Dourado iniciou suas atividades profissionais e, em sua temporada de estreia, conquistou o Campeonato Mato-Grossense. O troféu seria o primeiro de 12 títulos do Estadual (2003, 2004, 2011, 2013, 2014, 2015, 2017, 2018, 2019, 2021, 2022 e 2023). Ainda nesse ano, a equipe participou da Série C do Campeonato Brasileiro e foi eliminada na segunda fase. Em 2005, debutou na Copa do Brasil.
Após um período de inatividade, o clube retornou aos campos em 2009 para a disputa da segunda divisão do Campeonato Mato-Grossense. Em ascensão, alcançou a Série D em 2011, ano em que conseguiu o acesso à Série C de 2012. Ao longo da busca para chegar à Série B, o Cuiabá venceu um dos maiores títulos de sua história: a Copa Verde de 2015.
Em 2019, o time cuiabano disputou da Série B, em um ano que teve ainda o título da Copa Verde sobre o Paysandu, nos pênaltis. Na temporada seguinte, o Cuiabá terminou como quarto colocado da competição e pôde comemorar a classificação para a elite do futebol brasileiro. Em 2022, o clube venceu o Brasileirão de Aspirantes.
Depois de disputar seguidas edições da Série A, o Dourado irá participar em 2025 da Série B do Brasileiro.
