Na guerra brutal contra o Sendero Luminoso, estima-se que mais de 70 mil peruanos tenham morrido, incluindo inocentes. Fujimori foi preso em 2015 e começou a ser julgado no Peru dois anos depois.
Depois de 15 meses, ele foi condenado por comandar esquadrões da morte que fizeram sequestros, tortura e mortes, além de ser apontado também como cabeça de um esquema de corrupção.
Foi então transferido para a penitenciária de Barbadillo, onde ficou até dezembro de 2017, quando recebeu indulto do então presidente Pedro Pablo Kuczynski, conhecido como PPK.
O indulto foi revogado em 2019, levando Fujimori de volta à prisão de Barbadilllo, para cumprir sua pena do ponto em que a havia deixado. Em dezembro de 2023, o Tribunal Constitucional do Peru finalmente o liberou para cumprir o resto da pena na casa de sua filha, Keiko.