O Tribunal de Justiça de Mato Grosso (TJMT) determinou que a construtora Santa Barbara Engenharia e o representante Fernando Henrique Linhares devolvam R$ 7,3 milhões aos cofres públicos. De acordo com o tribunal, houve sobrepreço do valor cobrado na construção da Arena Pantanal.
Fernando Linhares recorreu da decisão e busca anular o processo, devido à falta de indícios de improbidade, já que não houve intenção de cobrar o sobrepreço determinado no processo. De acordo com a acusação, o contrato foi firmado em 20 de abril de 2010, no valor inicial de R$ 342.060.007.96 e vigência de 1140 dias consecutivos.
O Ministério Público do Mato Grosso (MP-MT) instaurou o inquérito após vir a público que a gestão estadual havia "adiantado" o pagamento no valor de R$ 37 milhões ao consórcio, para "comprar e montar os materiais metálicos nos Estados de Goiás e Paraná" e "pagar estruturas metálicas que ainda não haviam sido formalmente adquiridas".
Na época em que o caso começou a ganhar repercussão, a Secretaria Extraordinário da Copa do Mundo da Fifa 2014 (Secopa) alegou não ter havido pagamento adiantado ao consórcio.
O MP-MT, porém, relatou que no período entre 1º de maio de 2011 a 31 de maio de 2011, o governo de Mato Grosso teria pago R$ 7.046.237,97 ao consórcio, pois referiam-se apenas ao "fornecimento" do aço para a fabricação das estruturas metálicas, em desconformidade à lei, ao edital e ao contrato original.
Ainda de acordo com o MP-MT, os indícios apontam para a prática de improbidade administrativa, devido às ofensas aos princípios da administração pública.